El artículo tiene como objetivo analizar aspectos metodológicos y filosóficos de la novedad científica en una tesis doctoral, como singularidad de la dimensión semiótica de la competencia epistémica del investigador. Para tal fin, se valora el papel de la subjetividad de los investigadores y el rol activo de la filosofía de la ciencia para la comprensión de estas categorías. La metodología se desarrolló desde el paradigma dialéctico y enfoque cualitativo, participaron 40 expertos de 10 países y cuatro grupos doctorales; se combinaron los métodos de sistematización de experiencia y teoría fundamentada; se utilizó la entrevista a expertos, complementándose con un focus group en 4 grupos de doctorado y el análisis de contenido de 50 tesis doctorales. Los resultados de la entrevista constatan 16 temas y cuatro macro categorías que ayudan a entender qué es la novedad científica, cómo se evidencia en el texto, sus cualidades, cómo se construye y cuál es el papel de la filosofía de la ciencia en este proceso; el focus group evidenció dificultades de los doctorandos en la ejecución de la fase de trascendencia epistémica del método de construcción teórica, por lo que se procedió a elaborar pautas reflexivas, didácticas y metodológicas a partir del análisis de contenido de tesis doctorales y la sistematización de experiencias y vivencias profesionales formativas que explican cómo se concreta la novedad científica en una tesis doctoral.