En la actualidad existe un amplio consenso sobre la importancia de preservar la biodiversidad, en sus diferentes escalas (biósfera, paisajes, ecosistemas, especies, poblaciones y genes), sin embargo, existe un álgido debate sobre ¿qué conservar?, ¿cómo? y ¿para quién? En este artículo mostramos la existencia de una intensa polémica al interior de la de Convención de Diversidad Biológica, específicamente XIV Conferencia de las Partes, celebrada en Sharm El-Sheikh, Egipto (noviembre 2018), respecto al estatus epistemológico que la ONU debe asignar a los pueblos indígenas y a sus sistemas de conocimiento en el diseño y gestión de las políticas globales de conservación de la biodiversidad. Por un lado, existe un paradigma que podríamos llamar “desde arriba” y otro al que designaremos como “desde abajo”. El primero, impulsado por organismos supranacionales como el Grupo Banco Mundial y organizaciones conservacionistas trasnacionales como Conservación Internacional o World Wide Fundation, sostiene la superioridad de la ciencia respecto a los conocimientos tradicionales y pretende imponer “desde arriba” y “desde afuera” la creación de áreas naturales protegidas sin pobladores. En contrapunto el canon “desde abajo”, impulsado por una alianza integrada por los propios pueblos indígenas, activistas y académicos partidarios del diálogo de saberes, aspira a la conservación de la diversidad biocultural, promueve un diálogo horizontal entre ciencia y saberes tradicionales y propone la creación de territorios indígenas de conservación. La presente investigación incluyó la consulta de un amplio corpus bibliográfico, documentos de la ONU, la asistencia a las 13º y 14º Conferencias de las Partes de la CDB realizadas en Cancún, México y Sharm El-Sheikh, Egipto y la realización de numerosas entrevistas. Nuestra investigación esboza algunas de las consecuencias ecológicas, epistemológicas, éticas, políticas y ontológicas producidas por ambos paradigmas.