Vislumbrando uma educação ecossistêmica e transdisciplinar, propôs-se a utilização de um método de análise integrada e holística de ecossistemas fluviais, o Protocolo de Avaliação Rápida de Rios (PAR), por estudantes do 9º ano do Ensino Fundamental. O PAR foi aplicado no terço inferior do Rio Palmital, no município de Pinhais (PR). O teste estatístico não-paramétrico Kruskal-Wallis demonstrou que, quando analisada a variável total, não houve diferença significativa entre as avaliações dos alunos e nem destas em relação à referência. A comparação entre os parâmetros se deu pela análise da porcentagem de notas atribuídas a cada parâmetro, ordenadas de acordo com a condição equivalente e contrastadas com referência, denotando um panorama geral das condições do rio em cada ponto. O grau de variação dos dados indica a dificuldade de entendimento dos parâmetros ou de interpretação da realidade, refletindo a falta de adaptação prévia dos parâmetros às especificidades locais. Após a aplicação do protocolo, os estudantes preencheram um questionário cujo intuito foi avaliar o potencial do PAR enquanto referencial prático para uma educação ecossistêmica e transdisciplinar. O resultado do questionário apontou para uma relação positiva entre a teoria e prática no processo de ensino e aprendizagem proporcionado pelo protocolo, além da promoção de uma visão ecossistêmica e transdisciplinar.