In order to investigate the genetic impact that the Hispanic conquest would have generated in the native groups settled in the Middle and Lower Paraná, samples of pre and post-Hispanic individuals of this region were analyzed Mitochondrial DNA haplogroups were identified using Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP). The data were compared with those from other pre- and post-Hispanic archaeological sites and with contemporary samples. We observed a higher prevalence of native B haplogroup, in the post-Hispanic samples, without significant difference with the pre-hispanic group of the lower and middle Parana region. Both groups present similar haplogroup frequencies of those found in samples from Gran Chaco and the Córdoba province. This corresponds with archaeological data and the documentary sources about the Santiago del Baradero reduction (Buenos Aires province), with the prohibition of the departure of women from the reduction and the shortage of foreigners.Para indagar sobre el impacto genético que habría generado la conquista hispánica en los grupos nativos asentados en el Paraná Medio e Inferior se analizaron muestras de individuos pre y posthispánicos de la región. Se identificaron los haplogrupos de ADN mitocondrial empelando Polimorfismos de Longitud de Fragmentos de Restricción (RFLP). Los datos obtenidos se compararon con los de otros sitios arqueológicos pre y posthispánicos y con muestras contemporáneas. Se observó mayor prevalencia del haplogrupo nativo B en las muestras posthispánicas, aunque sin diferenciación significativa con el grupo prehispánico de la región del Paraná Medio e Inferior. Ambos grupos presentan frecuencias de haplogrupos similares a muestras modernas provenientes del Gran Chaco y la provincia de Córdoba. Esto se corresponde con datos arqueológicos y de fuentes documentales de la reducción de Santiago del Baradero (provincia de Buenos Aires), con la prohibición de la salida de mujeres de la reducción y la escasez de individuos foráneos.Para investigar o impacto genético que a conquista hispânica teria gerado nos grupos nativos assentados no Médio e Baixo Paraná, amostras de indivíduos pré e pós-hispânicos da região foram analisadas. Os haplogrupos de DNA mitocondrial foram identificados usando Polimorfismos de Comprimento de Fragmento de Restrição (RFLP). Os dados obtidos foram comparados com os de outros sítios arqueológicos pré e pós-hispânicos e com amostras contemporâneas. Uma maior prevalência do haplogrupo B nativo foi observada nas amostras pós-hispânicas, embora sem diferenciação significativa em relação ao grupo pré-hispânico da região do Médio e Baixo Paraná. Ambos grupos apresentam freqüências semelhantes de haplogrupos que aquelas amostras modernas do Gran Chaco e da província de Córdoba. Isto se correlaciona con os dados arqueológicos y de fontes documentais sobre a redução em Santiago del Baradero (província de Buenos Aires), com a proibição de mulheres para sair da redução e a escassez de indivíduos estrangeiros.