Este ensayo analiza una serie de características que la investigación etnográfica con estudio de caso adquiere en las organizaciones escolares. La primera de esas características, la subjetividad comprometida, se refiere a la imposibilidad de desligar la subjetividad investigadora de la propia investigación. La segunda característica es la flexibilidad del proceso investigador en la etnografía educativa como consecuencia de la incertidumbre que genera el dinamismo de la realidad escolar y su micropolítica. A través del análisis de una investigación concluida, se propone explorar estas características y reflexionar sobre las herramientas metodológicas de las que disponen los investigadores y las investigadoras noveles para afrontar estos dilemas de la etnografía educativa con estudio de caso. El ensayo señala hacia las posibilidades del cuaderno de campo y el diario de la investigación. Utilizados de forma interrelacionada, estos soportes metodológicos narrativos aportan una respuesta a la subjetividad comprometida, a la incertidumbre de las organizaciones escolares y a la flexibilidad etnográfica.