En este artículo se recupera el concepto de autonomía tanto desde los hitos históricos en los que se destaca su relevancia así como desde la propia definición jurídica de la facultad autónoma de la universidad pública. Analizamos dos momentos fundacionales para la historia universitaria: la construcción de la universidad alemana sobre la base de los legados de Von Humboldt que revolucionó al sistema de ese país y la Reforma Universitaria lograda por los estudiantes en Argentina en 1918, acontecimiento que impactó en toda América Latina . Se analizan los límites de la autonomía desde los postulados del científico argentino Oscar Varsavsky a partir de sus críticas al cientificismo.  Culmina el trabajo abarcando la situación desencadenada a partir de la implementación del modelo económico neoliberal en la región, que impacta directamente en el sistema educativo y en el universitario en particular, generando cambios profundos en las políticas universitarias y de investigación en ciencia y tecnología, situación que a la fecha sigue vigente. Ilustramos esto último a través de los debates de coyuntura suscitados en nuestro país hoy en día.