El objetivo de este estudio fue comparar los patrones de interacción profesorestudiante en colegios colombianos de alto y bajo rendimiento en el área de ciencias. Para esto se observaron las interacciones de 12 profesores y 118 estudiantes en clases de física, química y biología de secundaria. Se utilizó la pauta de observación Classroom Assessment Scoring System (CLASS-Upper Elementary) para describir las interacciones en los dominios de apoyo pedagógico, apoyo emocionaly organización de la clase durante tres sesiones de una misma unidad temática. Las puntuaciones en estos dominios fueron comparadas entre los colegios de alto y bajo desempeño en pruebas estandarizadas en ciencias. En general no se encontraron diferencias significativas en los patrones de interacción entre profesor y estudiantes pertenecientes a colegios de alto y bajo desempeño en ciencias. Sin embargo, dentro del dominio de apoyo pedagógico se encontraron diferencias en relación con las dimensiones de comprensión del contenido y dialogo instruccional; en estas dimensiones, los patrones de interacción de los profesores-estudiantes pertenecientes a colegios con alto desempeño en ciencias mostraron mejores desempeños que los de bajo desempeño. Se discuten las implicaciones educativas de los hallazgosy se realizan sugerencias para trabajos observacionales similares.