O Ensino Orientado para a Aprendizagem Baseada em Problemas é uma metodologia de ensino centrada nos alunos que lhes permite aprender conhecimentos novos resolvendo problemas. O objetivo deste estudo foi comparar os contributos desse tipo de ensino, organizado segundo uma abordagem transdisciplinar, com os do ensino tradicional no que concerne à aprendizagem de conhecimentos conceituais, com diferentes níveis de complexidade, no âmbito do tema Transformação de Matéria e de Energia. Os resultados demonstram que os alunos da turma experimental obtiveram melhor desempenho (apresentaram respostas menos incompletas) do que os alunos da turma de controle nas questões que eram cognitivamente mais exigentes. Apesar de esse tipo de resultados ser esperado, são necessárias mais investigações que permitam testar a sua consistência.