Una de las prioridades de la Universidad Autónoma de Ciudad Juárez (UACJ) ha sido el que el total de sus programas educativos, posean el reconocimiento de calidad académica y la acreditación, por parte de los Comités Interinstitucionales para la Evaluación de la Educación Superior, A.C. (CIEES) y el Consejo para la Acreditación de la Educación Superior, A. C.(COPAES) respectivamente.