This article aims to understand how did the Brazilian and Chilean civil-military dictatorships manage to transform the higher education system and the structure of the public universities. Thus, this article is divided into four sections. The first section presents the social mobilization pro-democratization and higher education system reforms before the dictatorships. The second section explores the adoption of a neoliberal project for public higher education. Finally, the third and fourth sections describe and analyze the implementation of policies and legislation in public higher education during the dictatorships.Este artigo visa compreender de que maneira as ditaduras civil-militares brasileira (1964-1985) e chilena (1973-1990) modificaram o ensino público superior e a estrutura universitária dos respectivos países. Para isso, o artigo divide-se em quatro partes. A primeira faz um resgate dos movimentos prévios pela democratização e reforma do ensino superior. A segunda explora o projeto de educação superior com viés neoliberal implementado pelas ditaduras do Cone Sul. A terceira e a quarta partes descrevem e analisam a implementação de políticas e legislação voltadas à educação superior do Brasil e do Chile.