El zapatismo es un movimiento social sobre el que existe una extensa literatura, en particular enfocada en el tema de género. Sin embargo, son escasos los análisis acerca del territorio desde la perspectiva de ecología política feminista. Por lo anterior, se utilizó este enfoque y una metodología cualitativa para cumplir los siguientes objetivos: (a) describir la participación de las mujeres zapatistas en un Municipio Autónomo Rebelde Zapatista (MAREZ) desde dicha perspectiva; (b) analizar su propuesta de vida ecológicamente viable; (c) indagar sobre el acceso al territorio y el control que ejercen sobre él las mujeres a partir de la autonomía zapatista. Los resultados sugieren que existen avances, contradicciones y retos en la participación de las mujeres. Los zapatistas construyen territorios a partir de los ríos, huertos, acahuales y montañas, cuyo acceso y control están influenciados por los roles de género y, por tanto, que las mujeres buscan transformar. Por ejemplo, las opciones agroecológicas concretan las formas de vida ecológicamente viables y han cambiado las relaciones de género en las comunidades de estudio. En conclusión, la construcción de los territoritorios zapatistas, que involucran a las mujeres, están en disputas con otros actores, lo que ha impulsado su participación en este proceso de autonomía.