En México y en otras partes de América Latina se ha observado un gran traslape entre los territorios indígenas y las regiones de alto valor biológico. En este trabajo preguntamos si se puede observar el mismo traslape en el estado de Jalisco, en el occidente de México. Para contestar esta pregunta, empezamos con un estudio sucinto de las dos principales regiones indígenas del Jalisco rural: la Sierra Huichola en el norte del estado y la Sierra de Manantlán, en el sur. Luego, se extiende el análisis al estado en su totalidad, con una investigación que pretende medir el traslape entre los territorios indígenas "desindianizados" y las regiones de alto valor biológico.