La irrupción de la complejidad en las décadas de 1970 y 1980 motivó un cierto diagnóstico de crisis de la ciencia y el conocimiento científico. Indagar el alcance de este diagnóstico es central para comprender el sentido que adquiere la complejidad en dos programas particulares: la Teoría de los Sistemas Complejos (TSC) de Rolando García, y la Teoría de los Sistemas Sociales (TSS) de Niklas Luhmann. Para aclarar este problema planteamos un contrapunto en torno a tres problemas particulares el alcance de las explicaciones y las predicciones científicas, la interdisciplina, y el carácter social y transformador del conocimiento, que atendemos junto a las características metateóricas y los supuestos epistemológicos de cada programa. Concluimos abogando por una interpretación de la TSC donde se observa una posición más moderada que la de la TSS en la controversia por la complejidad.