Los últimos comicios para gobernador del estado de Chiapas, que se celebraron el 20 de agosto de 2006, produjeron desconcierto y confusión. El significado de las elecciones se focalizó en una disyuntiva, producto de una exacerbada polarización: continuidad o cambio, a favor o en contra del candidato oficial. Sin embargo, en realidad no se enfrentaron dos partidos políticos antagónicos, con proyectos e ideologías consistentes, sino un mosaico de facciones heterogéneas de las más diversas afinidades políticas, aglutinadas coyunturalmente en torno a dos líderes enemistados, pero provenientes ambos de la familia revolucionaria institucional. La bipolarización del juego político-electoral reveló, así, la crisis y la atomización de los partidos políticos chiapanecos. Chiapas volvió, así, al centro de la vida política mexicana, al entrar en resonancia con el conflicto postelectoral federal. Esta contribución analiza las elecciones federales y locales de 2006, profundizando en las estructuras territoriales del voto en los 111 municipios del estado. La construcción de una tipología sintética de la democratización desde 1988 también permite indagar en las lógicas y en los desfases regionales entre las dinámicas de la participación política y los clivajes socioculturales que estructuran la geografía electoral y humana de la entidad.