O atual modelo de desenvolvimento coloca em risco a estabilidade dos sistemas naturais e, consequentemente, a sustentabilidade dos agroecossistemas. A construção de barragens e a regularização da vazão tem implicação direta no sistema hidrológico do Baixo São Francisco (BSF), com reflexos nos processos de erosão e sedimentação concebendo no contexto da relação homem-natureza novas referências com o meio, colocando em risco o modo de vida tradicional da população ribeirinha, alterando sua percepção em relação ao estuário e as relações que se estabelecem com esse espaço de vida. O objetivo deste estudo é estabelecer os principais obstáculos e perspectivas a sustentabilidade dos agroecossistemas do estuário. Numa perspectiva sistêmica e seguindo passos da metodologia MESMIS, foram identificados e discutidos os pontos críticos ao sistema, bem como construídos atributos e critérios de diagnósticos para os agroecossistemas familiares tradicionais e modernos da rizicultura. O controle de fluxos do canal fluvial provocou mudanças na dinâmica ambiental, reduziu a agrobiodiversidade, comprometeu a sustentabilidade dos agroecossistemas, promoveu a explotação dos recursos do estuário, contribuiu para a precariedade quanto às condições de vida do agricultor e pescador/catador, constituindo-se em obstáculos ao desenvolvimento sustentável na região.Palavras-chave: Sustentabilidade de Agroecossistemas; Geomorfologia Fluvial; e Estuário.