A vazão mínima pode ser definida como o fluxo de água de um rio presente em épocas mais secas. A sua estimativa no tempo e no espaço é uma tarefa difícil e geralmente apresenta erros significativos. Desta forma, o objetivo deste trabalho é avaliar a estimativa de vazões mínimas na bacia do Altíssimo Rio Negro - 788km² - por meio de modelagem distribuída, com a aplicação do modelo SWAT (Soil & Water Assessment Tool). Os resultados indicam que o modelo SWAT considera adequadamente os elementos que afetam diretamente o regime hidrológico das vazões mínimas. Também verificou-se que a maior variabilidade espacial das vazões q95 simuladas ocorre nas bacias com áreas de drenagem inferior à 100 km².