El enfoque estratégico, ha permitido la búsqueda de ventajas competitivas a través de los recursos intangibles. Es así, que la cultura organizacional se ha visto como componente clave en el éxito y desarrollo de la organización. Un factor estratégico en la construcción de la cultura organizacional, se debe a la interacción entre los empleados y la percepción que éstos tengan de su organización. Por tanto, se tiene como principal objetivo realizar un análisis de la percepción sobre la cultura organizacional en Instituciones de Educación Superior del sur de Sonora, mediante una investigación de tipo cuantitativa, con diseño no experimental y corte descriptivo-comparativo, a partir de una muestra de 276 empleados de IES. Mediante la prueba T de student de muestras independientes, se encontraron diferencias significativas entre los empleados de las IES del sur de Sonora; por otra parte, a través de ANOVA de un factor, se halló que existen diferencias significativas en la percepción de la cultura organizacional entre las distintas IES del sur de Sonora. Los hallazgos encontrados, permiten reconocer la coexistencia de cuatro tipos de culturas, así como diferencias significativas en la percepción de los empleados de acuerdo al rol que llevan a cabo.