A pesar del elevado crecimiento de la economía peruana en los últimos diez años, los profesionales universitarios se enfrentan a dificultades cada vez mayores para desempeñarse en ocupaciones laborales acorde a su formación educativa superior, habilidades e inversiones educativas. Este panorama se concreta en la condición "subempleo profesional" por la cual cuatro de cada diez profesionales universitarios al 2012 se encuentran sobre-educados, ocupando vacantes no profesionales y subremunerados. Proponemos que el deterioro en la calidad de la educación superior universitaria ha sido un desencadenante del aumento de profesionales universitarios subempleados, como alternativa a la literatura que analiza causas relacionadas a la demanda laboral. El objetivo principal de esta investigación consiste en explorar y cuantificar en qué medida la calidad de la educación superior contribuye al subempleo profesional en el Perú. Usando datos de la Encuesta Nacional de Hogares (ENAHO) y el Censo Nacional Universitario (CENAUN) de los años 1996 y 2010, planteamos un modelo de elección discreta que mide los efectos de la calidad universitaria sobre la condición individual de subempleo en un horizonte de largo plazo. La fuente de variabilidad que permite identificar dichos efectos es el proceso de apertura y desregulación del mercado de universidades iniciado en la década de los noventa. Nuestros resultados indican que la probabilidad de estar subempleado, para los profesionales que asistieron a universidades de «menor calidad», aumentó de 0.19 a 030 a partir de la desregulación del mercado universitario —tomando en cuenta que la desregulación afectó tanto la calidad de la universidad a la que se asistió como la posibilidad de adquirir educación superior universitaria en general para los individuos con menores habilidades académicas.