A nacionalização dos bens das ordens religiosas e religioso-militares transfere para a órbita do Estado partes significativas do património monumental de Santarém. Entre esses bens figurava a Igreja e anexos do mosteiro de S. João do Hospital ou de Alpram, da Ordem dos Hospitalários. A escolha do momento de edificação não andará longe dos últimos anos do reinado de Afonso Henriques e do início do de seu filho, Sancho I. O Foral de Santarém de 1179 preve-se, senão já refere, a instalação da Ordem dos Hospitalários na cidade. Será esta ordem (mais tarde chamada de Malta), quem superintenderá na vida deste templo, desde a Baixa Idade Média até 18 de Maio de 1834. Eis, pois, o tempo de vida do templo na sua função religiosa. Em 1207 já a Igreja, ou pelo menos o seu presbitério, estaria construído porque no seu interior, na parede do lado direito, junto ao arco triunfal, foi sepultado o primeiro mestre da ordem em Santarém, D. Afonso de Portugal ou Fernando Afonso, filho bastardo do rei Afonso Henriques e XIº Grão-Mestre da Ordem, entre 1194-1196 e/ou 1204-1206(1). Nesse local encontra-se, hoje, uma inscrição coeva em letra carolina, sobre a sepultura em arcossólio de volta inteira, que permite datar a sua construção, aproximadamente. O que é certo é que, depois desse enterramento, o edifício encontra-se ao culto, cerca de 1269, visto que nessa altura a Igreja se encontrava interdita pelo Bispo de Lisboa, por motivo ainda desconhecido.