Las luchas fraticidas desatadas en el tahuantinsuyo y la conmoción sufrida por sus gentes, ante la llegada de hombres y animales desconocidos, precipitaron el derrumbre del estado. Los incas pusieron cerco al cusco y tra no poder tomar la ciudad, se refugiaron en las montañas de Vilcabamba, desde donde iniciaron una incómoda guerra de guerrillas durante casi cuarenta años.