El presente estudio, desarrollado bajo el enfoque cualitativo, tuvo como objetivo comprender a la luz del pensamiento sistémico el proceso de deserción escolar en estudiantes de la Institución Educativa (IE) Santa Elena durante el periodo 2020 en el contexto de la virtualización. Para alcanzar dicho objetivo, se aplicaron entrevistas semiestructuradas a un coordinador y dos docentes de la IE, 5 estudiantes retirados y dos madres de familia. Se hallaron como resultados principales la incidencia de factores endógenos asociados a tres dimensiones: Pedagogía y didáctica, Política y organización y Material; y la incidencia de factores exógenos asociados a seis dimensiones: Economía, Material, Personal, Familiar, Representaciones sociales sobre la educación y Movilidad. Igualmente se identificaron tres sistemas interrelacionados entre sí: el familiar, el escolar y el comunitario, que a su vez conforman el mesosistema de la comunidad educativa. Respecto al análisis de la deserción como proceso, se identificaron cuatro momentos: la emergencia de factores de primer orden, la capacidad de respuesta, la emergencia de factores de segundo orden y la disolución del mesosistema. Finalmente se concluye que La deserción escolar en la IE, se presentó como un proceso multicausal, dinámico e influenciado por el contexto.