Although there is a broad corpus respect to institutional capacity (IC) the evaluation of perspectives sectors impacted by the deficit or not of IC goes unnoticed, mainly in times of economic crisis such as that caused by Covid-19, where governance multilevel was decisive in reducing the effects of the pandemic. Thus, with a complementary instrument to the IC evaluation forms, in the economic and productive sector in the department of Tolima (Colombia) which evaluated exogenously the perception about IC subnational governments as from economic problems caused by COVID-19. Five (5) factors were adapted in the instrument. Content validity was tested through expert judgment, and construct validity through exploratory factor analysis. It has good content validity (CVC = 0.82) and internal consistency (Cronbach’s alpha coefficient 0.921). It was identified in the perception of the IC that the Intergovernmental Relations and Co-responsibility dimension contributes 41.62% to the explained variance. Thus, when IC is evaluated, this dimension deserves a higher weighting than the other four; and it is that the imbalances in intergovernmental relations, especially due to the way in which functions are distributed, were decisive in the effectiveness of policies, that is, in achieving benefits that were supposed to be achieved in the midst of the pandemic.Pese al amplio corpus de capacidad institucional (CI), en la evaluación de esta pasa desapercibida la perspectiva de sectores impactados por el déficit o no de la CI, especialmente en momentos de crisis económica como la ocasionada por la Covid-19, donde la gobernanza multinivel fue determinante para menguar efectos de la pandemia. Así, con un instrumento complementario a los formularios de evaluación de CI, este trabajo evaluó exógenamente desde el sector económico y productivo en el Departamento del Tolima (Colombia) la percepción de la CI de los gobiernos subnacionales para enfrentar la problemática económica ocasionada por la COVID-19, para ello, se adaptaron cinco (5) factores en el instrumento. Se probó la validez de contenido mediante el juicio de expertos, y la validez de constructo a través del análisis factorial exploratorio. Se tiene buena validez de contenido (CVC = 0,82) y consistencia interna (coeficiente alfa de Cronbach 0,921). Se identificó en la percepción de la CI que la dimensión relaciones y corresponsabilidad intergubernamentales aporta un 41.62 % a la varianza explicada. Así, cuando se evalúe la CI, tal dimensión amerita una ponderación superior a las otras cuatro; y es que los desajustes en las relaciones intergubernamentales, en especial por la forma cómo se distribuyen funciones, fueron determinantes en la efectividad de las políticas, en la medida que permitió obtener beneficios que se suponían debían lograrse en medio de la pandemia.