A complexidade dos sistemas de inovação nacional e regional pode ser analisada a partir da teoria geral dos sistemas e do pensamento complexo aplicado a um dado contexto territorial. Nessa perspectiva, o objetivo deste estudo é compreender qual a contribuição da teoria geral dos sistemas e do pensamento complexo para o entendimento dos sistemas de inovação nacional/regional. Diante disso, tem-se que a teoria dos sistemas auxilia no entendimento das unidades e as alterações escalares (micro, meso e macro) entre subsistemas que compõe os sistemas de inovação, suas relações entre si, que caracteriza sua vulnerabilidade ou resiliência. Portanto, as experiências apresentadas sobre sistemas de inovação refletem a realidade dos países ao Norte em melhor contexto de desenvolvimento do que os países ao Sul. Por isso, devem ser analisadas como referenciais epistemológicos apenas para suscitar questionamentos e possibilidades diante do contexto dos países ao Sul. Pois, há indicações que para atingir tais resultados é preciso superar as desigualdades, exigindo políticas orientadas para a constituição do sistema.