Nos últimos anos, os desastres naturais vêm se tornando mais intensos tanto no Brasil como no mundo. Neste contexto, destacam-se os bancos de dados como ferramentas fundamentais para redução dos danos e implementação da Gestão de Riscos Naturais. Os diversos bancos de dados, entretanto, utilizam diferentes critérios para contabilizar os desastres naturais, o que pode dificultar sua confiabilidade e uso operacional. Este trabalho tem como objetivo comparar os registros históricos de desastres naturais, ocorridos no Brasil, computados por dois importantes bancos de dados: o Emergency Disaster Database (EM-DAT) e o Sistema Integrado de Informações sobre Desastres (S2ID). Os resultados mostraram que existem diferenças significativas entre eles, associadas aos problemas como: definição da área afetada, número de pessoas atingidas, superestimação e subestimação dos danos. Sugere-se a adoção dos registros oficiais e padronizados para melhoria da Gestão de Riscos Naturais.