This article corresponds to a qualitative study that, through grounded theory, sought to understand the challenges that management teams must face in the context of university governance in times of social and sanitary crisis. To do so, focused interviews were conducted with 12 top-level managers who were working in various regional Chilean universities at the time of the crisis caused by the COVID-19, and who had to modify their face-to-face administrative and academic work to teleworking/online form. Thus, five major categories of analysis were identified: preparation for the crisis, strengths, difficulties, challenges and lessons learned resulting from management in times of pandemic. On the other hand, the challenges in the area of relational competencies that favor leadership and management are observed.Este artículo corresponde a un estudio cualitativo que, por medio de la teoría fundamentada, buscó conocer los desafíos que deben enfrentar los equipos directivos en el contexto de gobernanza universitaria en tiempos de crisis sociosanitaria. Para ello, se realizaron entrevistas focalizadas a 12 directivos de nivel alto que ejercen actividades en diversas universidades regionales chilenas al momento de estallar la crisis por la covid-19, y que debieron modificar el trabajo presencial administrativo y académico presencial por la modalidad teletrabajo/online. De este modo se identificaron cinco grandes categorías de análisis: preparación ante la crisis, fortalezas, dificultades, desafíos y aprendizajes derivados de la gestión en tiempos de pandemia. Por otra parte, se observan los desafíos en el área de competencias relacionales que favorecen el liderazgo y la gestión.