El artículo explora con detenimiento el proceso de revisión y actualización de manuales de convivencia de las instituciones educativas en Colombia, ordenado por la Corte Constitucional al Ministerio de Educación Nacional a través de la Sentencia T478 del 2015. Reflexionamos sobre la exclusión de las personas con orientaciones sexuales e identidades de género no hegemónicas en la escuela, motivada por la permanencia de prejuicios en el marco de un orden social heteronormativo que sustenta la existencia del llamado bullying homofóbico y transfóbico. Finalmente, se presentan algunos aportes metodológicos para llevar a cabo dicho proceso de revisión y actualización, los cuales nos permiten concluir que el ejercicio efectivo y pleno del derecho a la educación solo se alcanza eliminando las barreras que la sociedad ha agenciado históricamente contra las personas con orientaciones sexuales e identidades de género no hegemónicas, y eliminando también sus claros efectos en la permanencia de desigualdades educativas en la escuela.