When the Archiduke Carlos de Austria’s troops were near the city of Barcelona, during the Spanish Sucession War, the inquisitors and other ministries of the catalonian Inquisition escaped to Tortosa, a safer place. Before travelling to this city, they left the Holly Office of Barcelona’s management to Manuel Viñals de la Torre, the “Secretario del Secreto” (a secretary that was in charge of the inquisitorial archive). After this, during Barcelona’s siege, Viñals became the most important defender of “his” Inquisition from the political and Church’s attacks that were sent versus the institution in order to diminish its power. This investigation tries to explain the history of this archive during this period of decay; a period almost unknown and forgotten by the Inquisition’s contemporary historians.Durante la Guerra de Sucesión, cuando las tropas del Archiduque Carlos de Austria se aproximaban a la ciudad de Barcelona, los inquisidores y otros ministros de la Inquisición catalana decidieron huir a Tortosa, un lugar más seguro. Sin embargo, antes de ello, dejaron la gestión del tribunal, en manos de Manuel Viñals de la Torre, el secretario del Secreto. Viñals se convertiría, durante el asedio que sufrió la capital catalana, en el principal defensor de “su” Inquisición ante los ataques que desde los frentes político y eclesiástico se dirigían contra una institución ya en crisis con la intención de disminuir todavía más sus mermados poderes. El presente artículo pretende exponer la historia del archivo del tribunal catalán durante este periodo de decadencia; un periodo casi desconocido y olvidado por los historiadores contemporáneos especializados en el Santo Oficio.