This article discusses the health micro-region implementation process in Ceará, Brazil, focusing on the pilot project proposed by the municipality of Baturité. The study aimed to register the relationships between the various leading characters of the process, as well as the implementation ‘stages’ of this pilot project, whose purpose was providing a reference matrix for health micro-regionalization in the state. This is a qualitative research, with a case study approach, carried out through bibliographical, documentary, and field investigation. The results indicate that this matrix was constituted in the context of the 1990 State reform, which served as a model for the national health policy, according to the 2001 Brazilian Health Care Operational Standard (NOAS), by strengthening negotiation forums, municipal health councils, and bipartite inter-agency committees. It is concluded that, in the context of this State reform, with managed administration, the implementation of health micro-regions has triggered positive changes in the organization of health services. Municipal administrations went beyond the purpose of rationalizing resources, showing service quality improvement; later, the definitions of health region and the regionalization processes have acquired new elements.Este artículo discute el proceso de implantación de las microrregiones de salud en Ceará, con foco en el proyecto piloto del municipio de Baturité. El estudio tuvo por objetivo registrar las articulaciones entre los diversos protagonistas del proceso, así como las “etapas” de implantación de este proyecto piloto, cuyo propósito era proporcionar una matriz de referencia para la microrregionalización de salud en el estado. Se trata de una investigación cualitativa, del tipo estudio de caso, realizada por medio de investigación bibliográfica, documental y de campo. Los resultados indican que esta matriz fue constituida en el contexto de reforma del Estado de 1990, la cual sirvió de modelo para la política nacional de salud, conforme a la Norma Operativa de Asistencia a la Salud (NOAS), de 2001, con fortalecimiento de foros de negociación, consejos municipales de salud y comisiones intergestoras bipartitas. Se concluye que, en el contexto de esta reforma del Estado, con administración gestionada, la implantación de las microrregiones de salud desencadenó cambios positivos en la organización de los servicios de salud. Los gobiernos municipales fueron más allá del propósito de racionalización de recursos, presentando mejoría de los servicios; posteriormente, las definiciones de región de salud y los procesos de regionalización adquirieron nuevos elementos.O artigo discute o processo de implantação das Microrregiões de Saúde no Ceará com foco no projeto-piloto constituído no município de Baturité. O objetivo é registrar as articulações entre os diversos protagonistas do processo, como também as “etapas” de implantação desse projeto piloto constituído para servir como matriz de referência para a microrregionalização de saúde do Ceará. Quanto à metodologia da pesquisa que deu suporte a este artigo, foi de natureza eminentemente qualitativa e consistiu em estudo de caso. Incluiu pesquisa bibliográfica, documental e de campo, e será descrita em parte específica do texto. Entre os resultados, destacamos: essa matriz foi constituída no contexto de reforma do Estado de 1990; a germinação de conhecimentos, métodos, técnicas e instrumentos sobre uma forma singular de organização de serviços de saúde no Ceará, a qual serviu de modelo para a política nacional de saúde nesta área, conforme a a Norma Operacional de Assistência à Saúde (NOAS/2001); e o fortalecimento de Fóruns de Negociação, Conselhos Municipais de Saúde e Comissões Intergestoras Bipartites. Concluímos o seguinte: no contexto dessa reforma do Estado que inclui a administração gerenciada, a implantação das microrregiões de saúde segundo o modelo criado na dinâmica do projeto piloto de Baturité desencadearam-se mudanças positivas na organização dos serviços. Houve respostas de governos municipais, para além do propósito de racionalização de recursos, com repercussões também em melhoria de serviços, e em contextos posteriores as definições de região de saúde e os processos de regionalização adquiriram novos elementos que se somaram aos da experiência aqui discutida.