El objetivo de este artículo es analizar, desde la gobernanza territorial, los efectos de las declaratorias de Denominación de Origen (DO) sobre actores sociales de los Sistemas Agroalimentarios Localizados (SIAL). Para ello se consideran los casos del SIAL quinoa Real de Bolivia (DO otorgada en 2014) y el SIAL del cacao de Grijalva de Tabasco, en México (DO otorgada en 2016). El estudio de caso se complementa con entrevistas semiestructuradas a los actores de los SIAL. Es posible concluir que estas figuras de protección institucional constituyen un primer paso en el reconocimiento del valor sociocultural, agronómico y productivo de estos cultivos, aunque los efectos de las DO en los SIAL son diferentes, debido al grado de formalización de la figura. Para el caso de la quinoa en Bolivia encontramos una DO instaurada pero perfectible, que requiere de una mayor integración del sistema; en el caso del cacao en México, se presenta una DO de conformación incipiente. Tales casos proporcionan puntos de convergencia y divergencia, así como lecciones en materia de gobernanza territorial para el aprovechamiento de las figuras de protección institucional.