The aim of this article is to present a methodology applied to an intergroup conflict case study. Focused on the case of West Mexico.s wixaritari (huichol) and mestizo ranchers case, it proposes a systematization of the multiple factors which influence the historical development of an old conflict. It uses a heuristic analytical framework, which goes beyond those methods that are limited to the study of current phenomena, such as rational choice theory or games theory. The scientific study of intergroup conflicts demands a profound analysis of history and of the systems of relationships that have been brought about by the agents involved.El presente artículo persigue fines metodológicos al presentar un estudio de caso de un conflicto intergrupal. Ubicándose en el caso de los wixaritari (huicholes) y los mestizos rancheros del occidente de México, se plantea una sistematización de los factores múltiples que inciden en el desarrollo histórico de un conflicto muy longevo, mediante una propuesta de análisis heurística, que trascienda los métodos que se limitan al estudio de los fenómenos presentes, tales como la opción racional y la teoría de juegos. El abordaje científico de conflictos intergrupales demanda estudios a profundidad de la historia y de los sistemas de relaciones que han entablado los agentes involucrados.