Después de la elevación del Brasil a la condición de un reino (1808) respectivamente a un imperio después de la independencia (1822) la política indigenista pasó a ser todavía menos escrupulosa que en la época colonial. Con la creciente escasez de mano de obra a causa del fin del comercio de esclavos negros los indios nuevamente se consideraron como reserva de mano de obra. La Iglesia Católica era casi impotente frente al problema de la explotación de los indios sea por falta de concientización sea por causa de su absoluta dependencia del Estado bajo el régimen del patronado. En vista de la profunda crisis del monasticismo en el Brasil, capuchinos italianos sin ninguna experiencia en el campo de la misión entre los indios fueron llamados por parte del Gobierno brasileño para catequizar y civilizar a los indios. En el año de 1908 cuando el peligro de grandes matanzas de indios aumento cada vez más, antiguos colaboradores de Candido Mariano da Silva (Rondón), entonces miembros del Museo Nacional, alertaron la conciencia de la nación y lograron la institución del Servicio de Protección del Indio (1910- 1967) que particularmente bajo la dirección de Rondón hizo mucho bien pero a la larga no pudo detener los intereses económicos de la sociedad brasileña y finalmente fue a ser víctima de una corrupción funesta así que el número total de indios disminuyó en este medio siglo de medio millón a menos de cien mil.