Este trabajo analiza de manera comparada los diferentes indicadores de esfuerzo y resultado de los sistemas nacionales de innovación argentino y brasileño durante el período 2003-2015 en base a datos del sistema y otros provenientes de encuestas nacionales de innovación. Utilizando como marco el rol de la acumulación de capacidades sobre la transformación productiva, se intenta establecer el punto de partida como insumo clave para un proyecto de cooperación que busque el cambio estructural necesario para lograr el desarrollo inclusivo en los países estudiados.This paper compares the different effort and results indicators of Argentina and Brazil ́s national innovation systems during the period 2003- 2015, using system and national innovation surveys data. Applying the role of the capacities’accumulation on the productive transformation framework, we attempt to establish the starting point as key input for a cooperation strategy on structural change aimed towards achieving inclusive development in the countries studied.