Usando entrevistas semiestructuradas y el índice de importancia relativa (IR), este trabajo documenta las plantas medicinales versátiles o de mayor importancia cultural en tres resguardos indígenas (emberá-katío, coreguaje y uitoto) ubicadas en el piedemonte y planicie amazónica del departamento del Caquetá, Colombia. También se registran los usos medicinales y la parte de la planta más usada. En total se registraron 122 especies medicinales (94 géneros en 56 familias); Piperaceae fue la familia con el mayor número de especies (13), seguida por Gesneriaceae y Fabaceae con seis especies cada una. Solamente ocho especies fueron usadas entre dos comunidades, pero ninguna por las tres. La parte de la planta usada con mayor frecuencia en las tres comunidades fue la hoja, empleada en un total de 87 preparaciones medicinales utilizando 70 especies. Los cuatro sistemas corporales con mayor número de especies empleadas y número de tratamientos terapéuticos fueron los siguientes: enfermedades de la piel y tejidos subcutáneos, aflicciones y dolores no definidos, enfermedades infecciosas y parasitarias y enfermedades del sistema digestivo. Aproximadamente la mitad de las especies registradas son usadas para tratar fiebres, diarreas, problemas de hongos, mordeduras de serpientes, parásitos internos e inflamaciones. El 11% de las especies registradas (14 especies en 12 géneros y 12 familias) fueron versátiles en relación a su uso (IR ≥ 1.0); el árbol nativo Rauvolfia leptophylla (Apocynaceae) y la planta herbácea  introducida a América, Kalanchoe pinnata (Crassulaceae), tuvieron los valores de IR más altos (2.0 y 1.6). También se registran algunos síndromes de filiación cultural y se discute la importancia de estas plantas medicinales en el tratamiento de enfermedades comunes de estas comunidades con acceso limitado a centros de salud del gobierno.