We analyze the effect that the prevailing socio-environmental regime in a Protected Natural Area has on the governance and the economic reproduction of the rural domestic groups of two ejidos in La Sepultura Biosphere Reserve (REBISE, by its initials in Spanish), Chiapas. We developed transdisciplinary research through the Peasant Territorial Systems (SITCA, by its initials in Spanish) conceptual scheme, including family workshops on livelihoods, role plays, and participatory interviews with key stakeholders. The results indicate that the environmental governance of REBISE has had three moments of transition and that the socio-environmental regime has not fostered territorial development nor the articulation of local actors to achieve sustainable development. The participation of rural domestic groups could play a fundamental role in designing more efficient governance processes since they develop a multi-active life strategy, take advantage of ecological niches to produce traditional goods, incorporate market-oriented socio-environmental innovations and government transfers and deploy their workforce. Nevertheless, integrating all their income, they cannot reproduce economically, lack the necessary capital, and have lost the capacity for action, individually and collectively. To transform this situation, we propose articulating SITCA through a polycentric and adaptive governance model focused on rural domestic groups.Analizamos el efecto que el régimen socioambiental predominante en un Área Natural Protegida tiene sobre la gobernanza y sobre la reproducción económica de los grupos domésticos rurales de dos ejidos en la Reserva de la Biósfera La Sepultura (REBISE), Chiapas. Desarrollamos una investigación transdisciplinaria mediante el esquema conceptual de los Sistemas Territoriales Campesinos (SITCA). Esta incluyó talleres familiares sobre modos de vida, juegos de roles y entrevistas participativas con actores clave. Los resultados indican que la gobernanza ambiental de la REBISE ha tenido tres momentos de transición, y que el régimen socioambiental no ha propiciado el desarrollo territorial, ni la articulación de los actores locales para alcanzar el desarrollo sustentable. La participación de los grupos domésticos rurales podría desempeñar un papel fundamental en el diseño de procesos de gobernanza ambiental más eficientes, ya que éstos desarrollan una estrategia de vida multiactiva, aprovechan nichos ecológicos para producir bienes tradicionales, incorporan innovaciones socioambientales orientadas al mercado y transferencias gubernamentales, y despliegan su fuerza de trabajo. Pero integrando todos sus ingresos no alcanzan a reproducirse económicamente, carecen de capitales necesarios, y han perdido capacidad de acción, individual y colectiva. Para transformar esta situación, proponemos articular el SITCA mediante un modelo de gobernanza policéntrica y adaptativa focalizada en los grupos domésticos rurales.