En México, el estudio del zooplancton marino muestra una clara regionalización de los grupos de trabajo que varía en intereses, recursos (infraestructurales, humanos) y logros. Se analiza tanto el desarrollo institucional del estudio del zooplancton marino en el sureste de México como la actividad de cuatro grupos arraigados en la región con base en 347 publicaciones científicas producidas entre 1985 y 2010. Los grupos del zooplancton más atendidos son los copépodos, larvas de peces, sifonóforos y quetognatos. Se reconoce que: 1) la mayor parte de los estudios del zooplancton han sido ecológico-descriptivos, con un alto valor intrínseco y pertinentes a las condiciones de la región; 2) se han estudiado con mayor intensidad los ambientes costeros (bahías, arrecifes, estuarios), y 3) las colaboraciones interinstitucionales han sido escasas y asimétricas, cada grupo ha desarrollado intereses y capacidades propios. Deben incrementarse las interacciones de investigación para diversificar y completar el conocimiento regional del zooplancton marino.