Desde mediados de siglo XX, en un contexto de endémica inestabilidad política, el sistema científico universitario argentino atravesó por un acentuado proceso de contracción de su autonomía académica. Las universidades estatales fueron intervenidas recurrentemente por los regímenes autoritarios y diezmadas en sus actividades de investigación y docencia. No obstante, con el propósito central de reducir las crecientes situaciones de heteronomía respecto al campo de poder, emergieron en el terreno de las ciencias sociales algunas instituciones que funcionaron como refugio para la autonomía académica y desplegaron como forma de sobrevivencia una estrategia de irradiación hacia el exterior. Desde un enfoque histórico estructural, el presente trabajo centra su lente analítica en torno a dos de los llamados centros académicos independientes que han tenido gran relevancia y trascendencia en Argentina y el Cono Sur: la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales y el Centro de Estudios de Estado y Sociedad. Se enfatiza la relación/tensión entre la lucha por la autonomía académica de estos centros y las estrategias de internacionalización que desplegaron: instrumentalización de fondos de ayuda externa, reconocimiento disciplinar/profesional desde el exterior y flujo de contactos académicos internacionales.