El presente artículo evalúa el Programa Estímulos a la Innovación (PEI) en México, a partir de su contribución al Sistema Regional de Innovación (SRI) de Baja California, entre los años 2009-2013. Mediante las metodologías del comportamiento adicional, se analizan los efectos al interior de las empresas, y de redes, se analiza el nivel de vinculación e interacciones entre los actores empresariales, científicos y gubernamentales del SRI. Los resultados muestran que al condicionar el financiamiento de los proyectos de innovación a la vinculación de los actores empresariales y científicos, el PEI está contribuyendo a fortalecer el SRI incentivando el 15% de sus interacciones.