En este artículo se analizan comparativamente los procesos de configuración de autonomía y legitimidad universitaria de algunas grandes universidades públicas de América Latina en estos últimos veinte años, en relación con la libertad de cátedra y la colegialidad. El foco de análisis está en la Universidad Nacional de Colombia (UNC); las otras tres universidades (Universidad de São Paulo, Universidad Nacional Autónoma de México y Universidad de Buenos Aires) sirven de contraste para mostrar la diversidad de los procesos que se presentan en las universidades en Latinoamérica. Se basa en una revisión de la normativa institucional, en documentos producidos por cada una de las universidades y en trabajo de campo (entrevistas, grupos de discusión, observación) durante 2009-2010, gracias a la financiación de Colciencias y de la UNC. En la investigación participó un numeroso equipo de profesores y estudiantes de la UNC. Si bien en la investigación que está a la base de este artículo se hizo una revisión amplia de la prensa en estos cuatro países, e igualmente se hizo trabajo de campo sobre las percepciones de los estudiantes, estos aspectos no se desarrollan aquí por razones de espacio. El texto argumenta que la formación ha sido la misión fundamental de las universidades; sin embargo, en estos últimos años la legitimidad y autonomía se están situando en la investigación y en nuevas modalidades de extensión. En segundo lugar se plantea que el fundamento de la autonomía universitaria reside en la libertad de cátedra y la libertad de estudio; no obstante, cambios recientes, sin cuestionar las libertades académicas, han orientado el núcleo duro de la autonomía en otras direcciones (competitividad, rendición de cuentas, etc.). La legitimidad se ha desplazado de los valores de la formación hacia otras esferas (investigación, competitividad laboral, marketing, etc.). Igualmente, el artículo desesencializa los conceptos de formación y de docencia, mostrándolos como un acumulado histórico complejo y no muy coherente, y problematiza las relaciones entre la libertad de cátedra y la autonomía institucional. Finalmente, llama la atención sobre el debilitamiento de la colegialidad en estas universidades, debilitamiento que a futuro tendrá un impacto importante en su autonomía académica y en su legitimidad.