Los cambios recientes en la geopolítica andina, debido en gran parte a la emergencia de nuevos gobiernos progresistas de Ecuador, Bolivia y Venezuela como resultado de la resistencia social de los pueblos andinos frente al proyecto del ALCA (Acuerdo de Libre Comercio de las Américas) y los tratados de Libre Comercio que Estados Unidos quiso imponer en la región, plantean la necesidad de pensar el desarrollo de una nueva agenda de integración. El proceso de negociación de libre comercio entre Colombia y Perú con los Estados Unidos y más recientemente con la Unión Europea, revela, sin embargo, no sólo la crisis de los procesos de integración entre los gobiernos pertenecientes a la Comunidad Andina de Naciones, sino también el creciente aislamiento de estos dos países, de las nuevas dinámicas regionales emergentes en América Latina. En este ensayo, planteamos como el proceso de negociación de los tratados de Libre Comercio con Estados Unidos y la Unión Europea en materia de biodiversidad, propiedad intelectual y conocimiento tradicional revelan, no sólo la crisis de los procesos de integración en lo que refiere a los desarrollos legislativos y normativos existentes en la Comunidad Andina de Naciones (CAN), sino también la situación de derechos colectivos de las comunidades indígenas y locales en la región.